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https://github.com/aportelli/LatAnalyze.git
synced 2024-11-10 00:45:36 +00:00
Merge branch 'master' into tmp-merge
This commit is contained in:
commit
c49da2ec2d
@ -30,7 +30,7 @@ int main(int argc, char *argv[])
|
||||
opt.addOption("s", "shift" , OptParser::OptType::value , true,
|
||||
"time variable shift", "0");
|
||||
opt.addOption("m", "model" , OptParser::OptType::value , true,
|
||||
"fit model (exp|exp2|exp3|cosh|cosh2|cosh3|explin|<interpreter code>)", "cosh");
|
||||
"fit model (exp|exp2|exp3|cosh|cosh2|cosh3|explin|const|<interpreter code>)", "cosh");
|
||||
opt.addOption("" , "nPar" , OptParser::OptType::value , true,
|
||||
"number of model parameters for custom models "
|
||||
"(-1 if irrelevant)", "-1");
|
||||
@ -117,7 +117,7 @@ int main(int argc, char *argv[])
|
||||
|
||||
// make model //////////////////////////////////////////////////////////////
|
||||
DoubleModel mod;
|
||||
bool coshModel = false, linearModel = false;
|
||||
bool coshModel = false, linearModel = false, constModel = false;
|
||||
|
||||
if ((model == "exp") or (model == "exp1"))
|
||||
{
|
||||
@ -183,6 +183,15 @@ int main(int argc, char *argv[])
|
||||
return p[1] - p[0]*x[0];
|
||||
}, 1, nPar);
|
||||
}
|
||||
else if (model == "const")
|
||||
{
|
||||
constModel = true;
|
||||
nPar = 1;
|
||||
mod.setFunction([](const double *x __dumb, const double *p)
|
||||
{
|
||||
return p[0];
|
||||
}, 1, nPar);
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
{
|
||||
if (nPar > 0)
|
||||
@ -214,16 +223,30 @@ int main(int argc, char *argv[])
|
||||
data.addXDim(nt, "t/a", true);
|
||||
data.addYDim("C(t)");
|
||||
data.setUnidimData(tvec, corr);
|
||||
for (Index p = 0; p < nPar; p += 2)
|
||||
// set parameter name /////////////
|
||||
if(constModel)
|
||||
{
|
||||
mod.parName().setName(p, "E_" + strFrom(p/2));
|
||||
mod.parName().setName(p + 1, "Z_" + strFrom(p/2));
|
||||
mod.parName().setName(0, "const");
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
{
|
||||
for (Index p = 0; p < nPar; p += 2)
|
||||
{
|
||||
mod.parName().setName(p, "E_" + strFrom(p/2));
|
||||
mod.parName().setName(p + 1, "Z_" + strFrom(p/2));
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
//set initial values ////////////////
|
||||
if (linearModel)
|
||||
{
|
||||
init(0) = data.y(nt/4, 0)[central] - data.y(nt/4 + 1, 0)[central];
|
||||
init(1) = data.y(nt/4, 0)[central] + nt/4*init(0);
|
||||
}
|
||||
else if(constModel)
|
||||
{
|
||||
init(0) = data.y(nt/4, 0)[central];
|
||||
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
{
|
||||
init(0) = log(data.y(nt/4, 0)[central]/data.y(nt/4 + 1, 0)[central]);
|
||||
@ -234,6 +257,7 @@ int main(int argc, char *argv[])
|
||||
init(p) = 2*init(p - 2);
|
||||
init(p + 1) = init(p - 1)/2.;
|
||||
}
|
||||
// set limits for minimiser //////////////
|
||||
for (Index p = 0; p < nPar; p += 2)
|
||||
{
|
||||
if (linearModel)
|
||||
@ -241,20 +265,32 @@ int main(int argc, char *argv[])
|
||||
globMin.setLowLimit(p, -10.*fabs(init(p)));
|
||||
globMin.setHighLimit(p, 10.*fabs(init(p)));
|
||||
}
|
||||
else if(constModel)
|
||||
{
|
||||
globMin.setLowLimit(p, -10*fabs(init(0)));
|
||||
locMin.setLowLimit(p, -10*fabs(init(0)));
|
||||
// cout << "Suppressing low limits" << endl;
|
||||
globMin.setHighLimit(p, 10*fabs(init(0)));
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
{
|
||||
globMin.setLowLimit(p, 0.);
|
||||
locMin.setLowLimit(p, 0.);
|
||||
globMin.setHighLimit(p, 10.*init(p));
|
||||
}
|
||||
globMin.setLowLimit(p + 1, -10.*fabs(init(p + 1)));
|
||||
globMin.setHighLimit(p + 1, 10.*fabs(init(p + 1)));
|
||||
if(!constModel)
|
||||
{
|
||||
globMin.setLowLimit(p + 1, -10.*fabs(init(p + 1)));
|
||||
globMin.setHighLimit(p + 1, 10.*fabs(init(p + 1)));
|
||||
}
|
||||
|
||||
}
|
||||
globMin.setPrecision(0.001);
|
||||
globMin.setMaxIteration(100000);
|
||||
globMin.setVerbosity(verbosity);
|
||||
locMin.setMaxIteration(1000000);
|
||||
locMin.setVerbosity(verbosity);
|
||||
// fit /////////////////////////////////
|
||||
for (Index t = 0; t < nt; ++t)
|
||||
{
|
||||
data.fitPoint((t >= ti) and (t <= tf)
|
||||
@ -278,69 +314,75 @@ int main(int argc, char *argv[])
|
||||
fit = data.fit(locMin, init, mod);
|
||||
fit.print();
|
||||
}
|
||||
|
||||
// plots ///////////////////////////////////////////////////////////////////
|
||||
if (doPlot)
|
||||
{
|
||||
Plot p;
|
||||
DMatSample effMass(nSample);
|
||||
DVec effMassT, fitErr;
|
||||
Index maxT = (coshModel) ? (nt - 2) : (nt - 1);
|
||||
double e0, e0Err;
|
||||
|
||||
|
||||
p << PlotRange(Axis::x, 0, nt - 1);
|
||||
if (!linearModel)
|
||||
if (!linearModel and !constModel)
|
||||
{
|
||||
p << LogScale(Axis::y);
|
||||
}
|
||||
p << Color("rgb 'blue'") << PlotPredBand(fit.getModel(_), 0, nt - 1);
|
||||
p << Color("rgb 'blue'") << PlotFunction(fit.getModel(), 0, nt - 1);
|
||||
p << Color("rgb 'red'") << PlotData(data.getData());
|
||||
p << Color("rgb 'red'") << PlotData(data.getData());
|
||||
p.display();
|
||||
effMass.resizeMat(maxT, 1);
|
||||
effMassT.setLinSpaced(maxT, 1, maxT);
|
||||
fitErr = fit.variance().cwiseSqrt();
|
||||
e0 = fit[central](0);
|
||||
e0Err = fitErr(0);
|
||||
if (coshModel)
|
||||
// effective mass plot //////////////////////////////////////////////////////
|
||||
if (!constModel)
|
||||
{
|
||||
FOR_STAT_ARRAY(effMass, s)
|
||||
DMatSample effMass(nSample);
|
||||
DVec effMassT, fitErr;
|
||||
Index maxT = (coshModel) ? (nt - 2) : (nt - 1);
|
||||
double e0, e0Err;
|
||||
|
||||
effMass.resizeMat(maxT, 1);
|
||||
effMassT.setLinSpaced(maxT, 0, maxT-1);
|
||||
fitErr = fit.variance().cwiseSqrt();
|
||||
e0 = fit[central](0);
|
||||
e0Err = fitErr(0);
|
||||
if (coshModel)
|
||||
{
|
||||
for (Index t = 1; t < nt - 1; ++t)
|
||||
FOR_STAT_ARRAY(effMass, s)
|
||||
{
|
||||
effMass[s](t - 1) = acosh((corr[s](t-1) + corr[s](t+1))
|
||||
/(2.*corr[s](t)));
|
||||
for (Index t = 1; t < nt - 1; ++t)
|
||||
{
|
||||
effMass[s](t - 1) = acosh((corr[s](t-1) + corr[s](t+1))
|
||||
/(2.*corr[s](t)));
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
else if (linearModel)
|
||||
{
|
||||
FOR_STAT_ARRAY(effMass, s)
|
||||
else if (linearModel)
|
||||
{
|
||||
for (Index t = 0; t < nt - 1; ++t)
|
||||
FOR_STAT_ARRAY(effMass, s)
|
||||
{
|
||||
effMass[s](t) = corr[s](t) - corr[s](t+1);
|
||||
for (Index t = 0; t < nt - 1; ++t)
|
||||
{
|
||||
effMass[s](t) = corr[s](t) - corr[s](t+1);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
{
|
||||
FOR_STAT_ARRAY(effMass, s)
|
||||
else
|
||||
{
|
||||
for (Index t = 1; t < nt; ++t)
|
||||
FOR_STAT_ARRAY(effMass, s)
|
||||
{
|
||||
effMass[s](t - 1) = log(corr[s](t-1)/corr[s](t));
|
||||
for (Index t = 1; t < nt; ++t)
|
||||
{
|
||||
effMass[s](t - 1) = log(corr[s](t-1)/corr[s](t));
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
p.reset();
|
||||
p << PlotRange(Axis::x, 0, maxT);
|
||||
p << PlotRange(Axis::y, e0 - 20.*e0Err, e0 + 20.*e0Err);
|
||||
p << Color("rgb 'blue'") << PlotBand(0, maxT, e0 - e0Err, e0 + e0Err);
|
||||
p << Color("rgb 'blue'") << PlotHLine(e0);
|
||||
p << Color("rgb 'red'") << PlotData(effMassT, effMass);
|
||||
p << Caption("Effective Mass");
|
||||
p.display();
|
||||
}
|
||||
p.reset();
|
||||
p << PlotRange(Axis::x, 1, maxT);
|
||||
p << PlotRange(Axis::y, e0 - 20.*e0Err, e0 + 20.*e0Err);
|
||||
p << Color("rgb 'blue'") << PlotBand(0, maxT, e0 - e0Err, e0 + e0Err);
|
||||
p << Color("rgb 'blue'") << PlotHLine(e0);
|
||||
p << Color("rgb 'red'") << PlotData(effMassT, effMass);
|
||||
p.display();
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (doHeatmap)
|
||||
{
|
||||
Plot p;
|
||||
@ -359,6 +401,7 @@ int main(int argc, char *argv[])
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
// output //////////////////////////////////////////////////////////////////
|
||||
if (!outFileName.empty())
|
||||
{
|
||||
|
||||
116
physics/eff-mass.cpp
Normal file
116
physics/eff-mass.cpp
Normal file
@ -0,0 +1,116 @@
|
||||
#include <LatCore/OptParser.hpp>
|
||||
#include <LatAnalyze/CompiledModel.hpp>
|
||||
#include <LatAnalyze/Io.hpp>
|
||||
#include <LatAnalyze/MatSample.hpp>
|
||||
#include <LatAnalyze/Math.hpp>
|
||||
#include <LatAnalyze/MinuitMinimizer.hpp>
|
||||
#include <LatAnalyze/NloptMinimizer.hpp>
|
||||
#include <LatAnalyze/Plot.hpp>
|
||||
#include <LatAnalyze/XYSampleData.hpp>
|
||||
|
||||
using namespace std;
|
||||
using namespace Latan;
|
||||
|
||||
int main(int argc, char *argv[])
|
||||
{
|
||||
// parse arguments /////////////////////////////////////////////////////////
|
||||
OptParser opt;
|
||||
bool parsed, doPlot;
|
||||
string corrFileName, corr0FileName, outFileName;
|
||||
Index shift;
|
||||
|
||||
opt.addOption("o", "output", OptParser::OptType::value , true,
|
||||
"output file", "");
|
||||
opt.addOption("s", "shift" , OptParser::OptType::value , true,
|
||||
"time variable shift", "0");
|
||||
opt.addOption("p", "plot" , OptParser::OptType::trigger, true,
|
||||
"show the fit plot");
|
||||
opt.addOption("", "help" , OptParser::OptType::trigger, true,
|
||||
"show this help message and exit");
|
||||
parsed = opt.parse(argc, argv);
|
||||
if (!parsed or (opt.getArgs().size() < 2) or opt.gotOption("help"))
|
||||
{
|
||||
cerr << "usage: " << argv[0] << " <options> < QED correlator file> < QCD correlator file 2>" << endl;
|
||||
cerr << endl << "Possible options:" << endl << opt << endl;
|
||||
|
||||
return EXIT_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
corrFileName = opt.getArgs()[0];
|
||||
corr0FileName = opt.getArgs()[1];
|
||||
outFileName = opt.optionValue<string>("o");
|
||||
shift = opt.optionValue<Index>("s");
|
||||
doPlot = opt.gotOption("p");
|
||||
|
||||
// load correlator /////////////////////////////////////////////////////////
|
||||
DMatSample tmp, c0, dc, effmass;
|
||||
Index nSample, nt;
|
||||
float tp,tm;
|
||||
|
||||
tmp = Io::load<DMatSample>(corr0FileName);
|
||||
nSample = tmp.size();
|
||||
nt = tmp[central].rows();
|
||||
tmp = tmp.block(0, 0, nt, 1);
|
||||
c0 = tmp;
|
||||
dc = tmp;
|
||||
effmass = tmp; // initialise effmass like this
|
||||
FOR_STAT_ARRAY(c0, s) // loads the QCD correlator, bootstrap sample by sample
|
||||
{
|
||||
for (Index t = 0; t < nt; ++t)
|
||||
{
|
||||
c0[s]((t - shift + nt)%nt) = tmp[s](t);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
tmp = Io::load<DMatSample>(corrFileName);
|
||||
tmp = tmp.block(0, 0, nt, 1);
|
||||
FOR_STAT_ARRAY(dc, s) // computes the leading order perturbation in corr
|
||||
{
|
||||
for (Index t = 0; t < nt; ++t)
|
||||
{
|
||||
dc[s](t) = tmp[s](t);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
FOR_STAT_ARRAY(effmass, s) //generate effective mass here
|
||||
{
|
||||
for (Index t = 0; t < nt; ++t)
|
||||
{
|
||||
tp = (t+1)%nt;
|
||||
tm = (t-1)%nt;
|
||||
if( tm == -1)
|
||||
{
|
||||
tm = nt-1;
|
||||
}
|
||||
|
||||
effmass[s](t) = ( 1./sqrt( (( c0[s](tp) + c0[s](tm) )/(2*c0[s](t)))*(( c0[s](tp) + c0[s](tm) )/(2*c0[s](t))) - 1 ) )*( (dc[s](tp) + dc[s](tm) )/(2*c0[s](t)) - ( dc[s](t)/c0[s](t) )*( ( c0[s](tp) + c0[s](tm) )/(2*c0[s](t)) ) );
|
||||
}
|
||||
|
||||
}
|
||||
// cout << "\n***********\n***********\n***********\nCheckpoint.\n***********\n***********\n***********\n" << endl;
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
// plots ///////////////////////////////////////////////////////////////////
|
||||
if(doPlot)
|
||||
{
|
||||
Plot p;
|
||||
DVec tAxis;
|
||||
|
||||
tAxis.setLinSpaced(nt,1,nt);
|
||||
p << PlotRange(Axis::x, 1, nt);
|
||||
p << PlotRange(Axis::y, -0.1,0.1);
|
||||
|
||||
p << Color("rgb 'red'") << PlotData(tAxis, effmass);
|
||||
p.display();
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
// output //////////////////////////////////////////////////////////////////
|
||||
if (!outFileName.empty())
|
||||
{
|
||||
Io::save(effmass, outFileName);
|
||||
cout << "File saved as: " << outFileName << endl;
|
||||
}
|
||||
|
||||
return EXIT_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
123
physics/pert-eff-mass.cpp
Normal file
123
physics/pert-eff-mass.cpp
Normal file
@ -0,0 +1,123 @@
|
||||
#include <LatCore/OptParser.hpp>
|
||||
#include <LatAnalyze/CompiledModel.hpp>
|
||||
#include <LatAnalyze/Io.hpp>
|
||||
#include <LatAnalyze/MatSample.hpp>
|
||||
#include <LatAnalyze/Math.hpp>
|
||||
#include <LatAnalyze/MinuitMinimizer.hpp>
|
||||
#include <LatAnalyze/NloptMinimizer.hpp>
|
||||
#include <LatAnalyze/Plot.hpp>
|
||||
#include <LatAnalyze/XYSampleData.hpp>
|
||||
|
||||
using namespace std;
|
||||
using namespace Latan;
|
||||
|
||||
int main(int argc, char *argv[])
|
||||
{
|
||||
// parse arguments /////////////////////////////////////////////////////////
|
||||
OptParser opt;
|
||||
bool parsed, doPlot, fold;
|
||||
string corrFileName, corr0FileName, outFileName;
|
||||
Index shift;
|
||||
|
||||
opt.addOption("o", "output", OptParser::OptType::value , true,
|
||||
"output file", "");
|
||||
opt.addOption("s", "shift" , OptParser::OptType::value , true,
|
||||
"time variable shift", "0");
|
||||
opt.addOption("p", "plot" , OptParser::OptType::trigger, true,
|
||||
"show the fit plot");
|
||||
opt.addOption("" , "fold" , OptParser::OptType::trigger, true,
|
||||
"fold the correlator");
|
||||
opt.addOption("", "help" , OptParser::OptType::trigger, true,
|
||||
"show this help message and exit");
|
||||
parsed = opt.parse(argc, argv);
|
||||
if (!parsed or (opt.getArgs().size() < 2) or opt.gotOption("help"))
|
||||
{
|
||||
cerr << "usage: " << argv[0] << " <options> < QED correlator file> < QCD correlator file>" << endl;
|
||||
cerr << endl << "Possible options:" << endl << opt << endl;
|
||||
|
||||
return EXIT_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
corrFileName = opt.getArgs()[0];
|
||||
corr0FileName = opt.getArgs()[1];
|
||||
outFileName = opt.optionValue<string>("o");
|
||||
shift = opt.optionValue<Index>("s");
|
||||
doPlot = opt.gotOption("p");
|
||||
fold = opt.gotOption("fold");
|
||||
|
||||
// load correlator /////////////////////////////////////////////////////////
|
||||
DMatSample tmp0, tmp, c0, dc, effmass;
|
||||
Index nSample, nt;
|
||||
float tp,tm;
|
||||
|
||||
tmp0 = Io::load<DMatSample>(corr0FileName);
|
||||
tmp = Io::load<DMatSample>(corrFileName);
|
||||
nSample = tmp.size();
|
||||
nt = tmp[central].rows();
|
||||
tmp0 = tmp0.block(0, 0, nt, 1);
|
||||
tmp = tmp.block(0, 0, nt, 1);
|
||||
c0 = tmp0;
|
||||
dc = tmp;
|
||||
effmass = tmp;
|
||||
FOR_STAT_ARRAY(c0, s)
|
||||
{
|
||||
for (Index t = 0; t < nt; ++t)
|
||||
{
|
||||
c0[s]((t - shift + nt)%nt) = tmp0[s](t);
|
||||
dc[s](t) = tmp[s](t);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
if (fold)
|
||||
{
|
||||
cout << "Folding correlators..." << endl;
|
||||
tmp0 = c0;
|
||||
tmp = dc;
|
||||
FOR_STAT_ARRAY(c0, s)
|
||||
{
|
||||
for (Index t = 0; t < nt; ++t)
|
||||
{
|
||||
c0[s](t) = 0.5*(tmp0[s](t) + tmp0[s]((nt - t) % nt));
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
FOR_STAT_ARRAY(dc, s)
|
||||
{
|
||||
for (Index t = 0; t < nt; ++t)
|
||||
{
|
||||
dc[s](t) = 0.5*(tmp[s](t) + tmp[s]((nt - t) % nt));
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
FOR_STAT_ARRAY(effmass, s)
|
||||
{
|
||||
for (Index t = 0; t < nt; ++t)
|
||||
{
|
||||
tp = (t+1)%nt;
|
||||
tm = (t-1)%nt;
|
||||
if( tm == -1)
|
||||
{
|
||||
tm = nt-1;
|
||||
}
|
||||
effmass[s](t) = ( 1./sqrt( ( ( c0[s](tp) + c0[s](tm) )/(2*c0[s](t) ) )*(( c0[s](tp) + c0[s](tm) )/(2*c0[s](t))) - 1 ) )*( (dc[s](tp) + dc[s](tm) )/(2*c0[s](t)) - ( dc[s](t)/c0[s](t) )*( ( c0[s](tp) + c0[s](tm) )/(2*c0[s](t)) ) );
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
// plots ///////////////////////////////////////////////////////////////////
|
||||
if(doPlot)
|
||||
{
|
||||
Plot p;
|
||||
DVec tAxis;
|
||||
|
||||
tAxis.setLinSpaced(nt, 0, nt-1);
|
||||
p << PlotRange(Axis::x, 0, nt);
|
||||
p << PlotRange(Axis::y, -0.1, 0.1);
|
||||
p << Color("rgb 'red'") << PlotData(tAxis, effmass);
|
||||
p.display();
|
||||
|
||||
}
|
||||
// output //////////////////////////////////////////////////////////////////
|
||||
if (!outFileName.empty())
|
||||
{
|
||||
Io::save(effmass, outFileName);
|
||||
cout << "File saved as: " << outFileName << endl;
|
||||
}
|
||||
|
||||
return EXIT_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
@ -7,6 +7,7 @@ endif
|
||||
endif
|
||||
|
||||
bin_PROGRAMS = \
|
||||
latan-plot \
|
||||
latan-sample-combine \
|
||||
latan-sample-element \
|
||||
latan-sample-fake \
|
||||
@ -14,7 +15,11 @@ bin_PROGRAMS = \
|
||||
latan-sample-plot \
|
||||
latan-sample-plot-corr\
|
||||
latan-sample-read \
|
||||
latan-resample
|
||||
latan-resample
|
||||
|
||||
latan_plot_SOURCES = plot.cpp
|
||||
latan_plot_CXXFLAGS = $(COM_CXXFLAGS)
|
||||
latan_plot_LDFLAGS = -L../lib/.libs -lLatAnalyze
|
||||
|
||||
latan_sample_combine_SOURCES = sample-combine.cpp
|
||||
latan_sample_combine_CXXFLAGS = $(COM_CXXFLAGS)
|
||||
|
||||
137
utils/plot.cpp
Normal file
137
utils/plot.cpp
Normal file
@ -0,0 +1,137 @@
|
||||
#include <LatCore/OptParser.hpp>
|
||||
#include <LatAnalyze/CompiledModel.hpp>
|
||||
#include <LatAnalyze/Io.hpp>
|
||||
#include <LatAnalyze/MatSample.hpp>
|
||||
#include <LatAnalyze/Math.hpp>
|
||||
#include <LatAnalyze/MinuitMinimizer.hpp>
|
||||
#include <LatAnalyze/NloptMinimizer.hpp>
|
||||
#include <LatAnalyze/Plot.hpp>
|
||||
#include <LatAnalyze/XYSampleData.hpp>
|
||||
|
||||
using namespace std;
|
||||
using namespace Latan;
|
||||
|
||||
int main(int argc, char *argv[])
|
||||
{
|
||||
// parse arguments /////////////////////////////////////////////////////////
|
||||
OptParser opt;
|
||||
bool parsed, imag;
|
||||
string plotFileName, outFileName, xName, yName, title, save;
|
||||
vector<string> inFileName;
|
||||
double xLow, xHigh, spacing;
|
||||
|
||||
opt.addOption("i" , "imag" , OptParser::OptType::trigger, true,
|
||||
"plot imaginary");
|
||||
opt.addOption("o", "output", OptParser::OptType::value , true,
|
||||
"output file", "");
|
||||
opt.addOption("x", "xAxis", OptParser::OptType::value , true,
|
||||
"x-axis name", "");
|
||||
opt.addOption("l", "xLow", OptParser::OptType::value , true,
|
||||
"x-axis lower bound", "0");
|
||||
opt.addOption("y", "yAxis", OptParser::OptType::value , true,
|
||||
"y-axis name", "");
|
||||
opt.addOption("", "spacing", OptParser::OptType::value , true,
|
||||
"spacing between points", "1");
|
||||
opt.addOption("s", "save", OptParser::OptType::value, true,
|
||||
"saves the source and .pdf", "");
|
||||
opt.addOption("t", "title", OptParser::OptType::value , true,
|
||||
"plot title", "");
|
||||
opt.addOption("", "help" , OptParser::OptType::trigger, true,
|
||||
"show this help message and exit");
|
||||
parsed = opt.parse(argc, argv);
|
||||
if (!parsed or opt.gotOption("help") or opt.getArgs().size() != 1)
|
||||
{
|
||||
cerr << "usage: " << argv[0] << " <.h5/manifest file> <options> " << endl;
|
||||
cerr << endl << "Possible options:" << endl << opt << endl;
|
||||
|
||||
return EXIT_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
|
||||
plotFileName = opt.getArgs().front();
|
||||
imag = opt.gotOption("i");
|
||||
xName = opt.optionValue("x");
|
||||
xLow = opt.optionValue<double>("l");
|
||||
yName = opt.optionValue("y");
|
||||
spacing = opt.optionValue<double>("spacing");
|
||||
save = opt.optionValue("s");
|
||||
title = opt.optionValue("t");
|
||||
outFileName = opt.optionValue<string>("o");
|
||||
|
||||
|
||||
if(plotFileName.find(".h5") == string::npos)
|
||||
{
|
||||
inFileName = readManifest(plotFileName);
|
||||
}
|
||||
|
||||
// load and plot file(s) /////////////////////////////////////////////////////////
|
||||
DMatSample tmp;
|
||||
Index nt;
|
||||
Plot p;
|
||||
DVec tAxis;
|
||||
|
||||
|
||||
if(inFileName.size() == 0)
|
||||
{
|
||||
tmp = Io::load<DMatSample>(plotFileName);
|
||||
nt = tmp[central].rows();
|
||||
if(imag)
|
||||
{
|
||||
tmp = tmp.block(0, 1, nt, 1);
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
{
|
||||
tmp = tmp.block(0, 0, nt, 1);
|
||||
}
|
||||
xHigh= xLow+spacing*(nt-1);
|
||||
tAxis.setLinSpaced(nt, xLow, xHigh);
|
||||
p << PlotData(tAxis, tmp);
|
||||
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
{
|
||||
tmp = Io::load<DMatSample>(inFileName[0]);
|
||||
nt = tmp[central].rows();
|
||||
xHigh= xLow+spacing*(nt-1);
|
||||
tAxis.setLinSpaced(nt, xLow, xHigh);
|
||||
|
||||
for(unsigned long i = 0; i < inFileName.size(); i++)
|
||||
{
|
||||
plotFileName = inFileName[i];
|
||||
tmp = Io::load<DMatSample>(plotFileName);
|
||||
if(imag)
|
||||
{
|
||||
tmp = tmp.block(0, 1, nt, 1);
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
{
|
||||
tmp = tmp.block(0, 0, nt, 1);
|
||||
}
|
||||
p << PlotData(tAxis, tmp);
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
p << Label(xName, Axis::x);
|
||||
p << Label(yName, Axis::y);
|
||||
p << PlotRange(Axis::x, xLow, xHigh);
|
||||
p << Caption(title);
|
||||
|
||||
if(save != "")
|
||||
{
|
||||
cout << "Saving plot and source code to " << save << endl;
|
||||
p.save(save + "/" + title);
|
||||
}
|
||||
|
||||
cout << "Displaying plot..." << endl;
|
||||
p.display();
|
||||
|
||||
// output //////////////////////////////////////////////////////////////////
|
||||
if (!outFileName.empty())
|
||||
{
|
||||
Io::save(tmp, outFileName);
|
||||
cout << "File saved as: " << outFileName << endl;
|
||||
}
|
||||
|
||||
return EXIT_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
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